随着使用时间长，洁净室的表面会变脏，应该进行清洁。试想下，不对洁净室的表面进行清洁，那么，当产品接触到脏的表面时，污染就会传到产品上。人员接触了洁净室的表面后又接触产品，又造成二次污染。表面看上去相当洁净的洁净室，如按照洁净室的要求来衡量，说不定很脏。因为比50微米小得多的粒子，人的肉眼是看不到的。洁净室清洁是要定期进行。
生物洁净室工作人员每分钟能够散发出几百个乃至几千个带有细菌的粒子。这些微生物是由表皮细胞或表皮细胞的碎片所携带。其平均当量直径为10微米到20微米。如果不不进行清洁工作，这些粒子由于重力作用很容易降落在洁净室内的表面上，造成污染。在医疗卫生行业中，对洁净室应该进行消毒以杀死微生物,，以达到相应标准的洁净度。
